Efektivitas Isolasi DNA Bakteri Escherichia coli dengan Modifikasi Buffer Lisis Spin Column

Effectiveness of Escherichia coli DNA Isolation with Modified Spin Column Lysis Buffer

Abstract

Isolasi DNA merupakan tahapan penting yang mendasari penelitian lanjut dalam berbagai aplikasi bioteknologi dan penelitian molekuler, termasuk kloning gen, analisis PCR, dan sekuensing DNA. Isolasi DNA dapat dilakukan menggunakan kit, salah satunya adalah kit spin column. Penggunaan kit spin column dalam isolasi DNA lebih efektif dan efisien karena bahan-bahan yang diperlukan dan prosedur penggunaan kit telah tersedia dalam satu paket, sehingga penggunaan kit lebih cepat dan mudah. Namun, pada saat menggunakan kit adakalanya bahan yang digunakan, seperti buffer lisis habis dan memerlukan bahan pengganti agar proses isolasi DNA tetap berjalan. Sehingga, diperlukan adanya pembuktian bahwa bahan pengganti dari kit spin column memiliki hasil dan kualitas yang sama dengan kit spin column. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui efektivitas dari SDS 20% sebagai pengganti pada kit spin column berdasarkan evaluasi kuantitas DNA yang dihasilkan. Metode dilakukan sesuai dengan prosedur kit spin column dan memodifikasi buffer lisis dengan menggunakan bahan SDS 20%. Hasil penelitian menunjukan bahwa tingkat konsentrasi DNA dari modifikasi SDS lebih tinggi (13,9 ng/µL) dibandingkan konsentrasi DNA dari kit spin column (3 ng/µL). Hal ini disebabkan karena SDS memiliki kemampuan yang kuat dalam melisiskan sel. Namun, tingkat kemurnian DNA hasil dari kit spin column dan modifikasi menggunakan SDS 20% memiliki nilai yang sama, yaitu sekitar 1,8. DNA yang dianggap murni dan minim kontaminasi protein menunjukan nilai kemurnian 1,7-2,0. Dengan demikian, modifikasi buffer lisis pada kit spin column dengan SDS 20% dapat menjadi alternatif yang efektif untuk diterapkan dalam laboratorium.

Kata kunci : Buffer lisis; Escherichia coli; Kemurnian DNA; Modifikasi; SDS; Spin column