Variasi Sekuens Gen Cythocrome b untuk DNA Barcoding Ikan Wader Pari (Rasbora sp.)
Abstract
Sitokrom b merupakan mtDNA yang sering digunakan sebagai bahan DNA barcoding untuk berbagai spesies ikan. Ikan wader pari dari subfamili rasborinae masih memerlukan kajian molekuler untuk mengetahui variasi keragaman. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi yang digunakan Cytb sebagai DNA Barcoding ikan Wader Pari. Metode penelitian ini secara in slico menggunakan komputer, diawali dengan mendapatkan sekuens melalui GeneBank dari website NCBI yang diakses pada 6 Desember 2024. Kemudian dilakukan sekuens multiple alignment, similarity sekuens dan analisis filogenetik menggunakan software genious. Hasil menunjukkan berdasarkan tingkat kesamaan yang berkisar 88-97%, Cytb sangat berpotensi untuk digunakan sebagai DNA Barcoding Ikan Wader Pari. Hasil filogenetik menunjukkan variasi genetika ikan Wader yang cukup beragam. Filogenetik terdapat 3 clade yang menandakan variasi sekuens ikan wader. Desain primer juga dilakukan untuk mengetahui potensi produk primer yang dapat digunakan sebagai primer universal.
References
Achmad, M. J., Djamhur, M., Fabanyo, M. A., & Akbar, N. (2019). DNA barcoding application of garfish (Hemirhampus sp.) in North Maluku Sea. Jurnal Iktiologi Indonesia, 19(3), 463. https://doi.org/10.32491/jii.v19i3.506
Ardiana, S. A., Astarini, I. A., Putra, I. N. G., Pertiwi, P. D., Sembiring, A., Yusmalinda, A., & Al Malik, D. (2020). Keragaman Genetik dan Filogenetik Longtail Tuna (Thunnus tonggol) yang Didaratkan di Pasar Ikan Pabean, Surabaya. Musamus Fisheries and Marine Journal, 107–115.
Bramasta, R. C., Faiqoh, E., Hendrawan, I. G., Sembiring, A., & Yusmalinda, N. L. A. (2021). Identifikasi Hiu yang Diperdagangkan di Bali Menggunakan Metode DNA Barcoding dan Analisis Filogenetik. Journal of Marine and Aquatic Sciences, 7(1), 84. https://doi.org/10.24843/jmas.2021.v07.i01.p12
Cahyadi, M., Puruhita, Barido, F. H., & Hertanto, B. S. (2018). Specific primer design of mitochondrial 12S rRNA for species identification in raw meats. IOP Conference Series: Earth and Environmental Science, 102, 012038. https://doi.org/10.1088/1755-1315/102/1/012038
Chilmi, L., Susilowati, T., Rachmawati, Y., Rokhim, S., & Tyautari, I. (2021). Sus sp. UJI DETEKSI GEN DNA ENCODING cyt b PADA SAMPEL SOFT GEL CANDY MENGGUNAKAN METODE PCR.
Chung, H. H., Kamar, C. K. A., Lim, L. W. K., Liao, Y., Lam, T. T., & Chong, Y. L. (2020). Sequencing and Characterisation of Complete Mitogenome DNA for Rasbora hobelmani (Cyprinidae) with Phylogenetic Consideration. Journal of Ichthyology, 60(1), 90–98. https://doi.org/10.1134/S0032945220010014
Dudu, A., Barbălată, T., Popa, G.-O., Georgescu, S. E., & Costache, M. (2016). Advantages and limitations of DNA barcoding in identifying commercially-exploited fish species. Scientific Papers Animal Science and Biotechnologies, 49(1), 45.
Fuadi, M. C., Lastuti, N. D. R., & Andriyono, S. (2022). APLIKASI WILAYAH GEN CYTOCHROM-B DALAM STUDI POPULASI IKAN GABUS (CHANNA STRIATA) SECARA MOLEKULER. Jurnal Ruaya: Jurnal Penelitian Dan Kajian Ilmu Perikanan Dan Kelautan, 10(2).
Giusti, A., Tinacci, L., Sotelo, C. G., Marchetti, M., Guidi, A., Zheng, W., & Armani, A. (2017). Seafood identification in multispecies products: assessment of 16SrRNA, cytb, and COI Universal Primers’ efficiency as a preliminary analytical step for setting up metabarcoding next-generation sequencing techniques. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 65(13), 2902–2912.
Indradewi, R. (2022). Teknik Desain Primer untuk Amplifikasi Gen Tujuan Kloning dari DNA Agrobacterium tumefaciens. Perbal: Jurnal Pertanian Berkelanjutan, 10(3), 305–309.
Jin, L., Yu, J., Yuan, X., & Du, X. (2021). Fish Classification Using DNA Barcode Sequences through Deep Learning Method. Symmetry, 13(9), 1599. https://doi.org/10.3390/sym13091599
Kamagi, D. D. W., Gedoan, S. P., & Rengkuan, M. (2021). Kajian Keragaman Asam Amino berdasarkan Sekuen Parsial Gen cyt b Pada Tarsius Sulawesi Utara. NUKLEUS BIOSAINS, 2(2), 83–93.
Kolondam, Beivy J. (2020). Variasi Sekuens Gen COI untuk DNA Barcoding Ikan Tuna. Media Teknologi Hasil Perikanan, 8(2), 70. https://doi.org/10.35800/mthp.8.2.2020.28378
Kolondam, Beivy Jonathan. (2022). Evaluasi sekuens gen 16S rRNA untuk DNA barcoding ikan tuna. Jurnal Ilmiah Platax, 10(1), 108–114.
Kusuma, W. E., Ratmuangkhwang, S., & Kumazawa, Y. (2016). Molecular phylogeny and historical biogeography of the Indonesian freshwater fish Rasbora lateristriata species complex (Actinopterygii: Cyprinidae): Cryptic species and west-to-east divergences. Molecular Phylogenetics and Evolution, 105, 212–223. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2016.08.014
Merdekawati, F., & Nurhayati, B. (2023). DESAIN PRIMER GEN PENGKODE RNA DEPENDENT RNA POLIMERASE (RdRp) UNTUK DETEKSI SARS COV2 DENGAN MENGGUNAKAN REAL TIME POLYMERASE CHAIN REACTION. JURNAL RISET KESEHATAN POLTEKKES DEPKES BANDUNG, 15(1), 30–36. https://doi.org/10.34011/juriskesbdg.v15i1.2179
Profant, S. W., Jørgensen, T. E., Austad, E., Babiak, I., & Johansen, S. D. (2024). Mitogenome, Poly(A) Mitotranscriptome, and Molecular Phylogeny of Rasbora rasbora (Family Danionidae; Subfamily Rasborinae). Fishes, 9(8), 317. https://doi.org/10.3390/fishes9080317
Sholihah, A., Delrieu‐Trottin, E., Sukmono, T., Dahruddin, H., Pouzadoux, J., Tilak, M., … Hubert, N. (2021). Limited dispersal and in situ diversification drive the evolutionary history of Rasborinae fishes in Sundaland. Journal of Biogeography, 48(9), 2153–2173. https://doi.org/10.1111/jbi.14141
Tang, K. L., Agnew, M. K., Hirt, M. V., Sado, T., Schneider, L. M., Freyhof, J., … Mayden, R. L. (2010). Systematics of the subfamily Danioninae (Teleostei: Cypriniformes: Cyprinidae). Molecular Phylogenetics and Evolution, 57(1), 189–214. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2010.05.021
Ardiana, S. A., Astarini, I. A., Putra, I. N. G., Pertiwi, P. D., Sembiring, A., Yusmalinda, A., & Al Malik, D. (2020). Keragaman Genetik dan Filogenetik Longtail Tuna (Thunnus tonggol) yang Didaratkan di Pasar Ikan Pabean, Surabaya. Musamus Fisheries and Marine Journal, 107–115.
Bramasta, R. C., Faiqoh, E., Hendrawan, I. G., Sembiring, A., & Yusmalinda, N. L. A. (2021). Identifikasi Hiu yang Diperdagangkan di Bali Menggunakan Metode DNA Barcoding dan Analisis Filogenetik. Journal of Marine and Aquatic Sciences, 7(1), 84. https://doi.org/10.24843/jmas.2021.v07.i01.p12
Cahyadi, M., Puruhita, Barido, F. H., & Hertanto, B. S. (2018). Specific primer design of mitochondrial 12S rRNA for species identification in raw meats. IOP Conference Series: Earth and Environmental Science, 102, 012038. https://doi.org/10.1088/1755-1315/102/1/012038
Chilmi, L., Susilowati, T., Rachmawati, Y., Rokhim, S., & Tyautari, I. (2021). Sus sp. UJI DETEKSI GEN DNA ENCODING cyt b PADA SAMPEL SOFT GEL CANDY MENGGUNAKAN METODE PCR.
Chung, H. H., Kamar, C. K. A., Lim, L. W. K., Liao, Y., Lam, T. T., & Chong, Y. L. (2020). Sequencing and Characterisation of Complete Mitogenome DNA for Rasbora hobelmani (Cyprinidae) with Phylogenetic Consideration. Journal of Ichthyology, 60(1), 90–98. https://doi.org/10.1134/S0032945220010014
Dudu, A., Barbălată, T., Popa, G.-O., Georgescu, S. E., & Costache, M. (2016). Advantages and limitations of DNA barcoding in identifying commercially-exploited fish species. Scientific Papers Animal Science and Biotechnologies, 49(1), 45.
Fuadi, M. C., Lastuti, N. D. R., & Andriyono, S. (2022). APLIKASI WILAYAH GEN CYTOCHROM-B DALAM STUDI POPULASI IKAN GABUS (CHANNA STRIATA) SECARA MOLEKULER. Jurnal Ruaya: Jurnal Penelitian Dan Kajian Ilmu Perikanan Dan Kelautan, 10(2).
Giusti, A., Tinacci, L., Sotelo, C. G., Marchetti, M., Guidi, A., Zheng, W., & Armani, A. (2017). Seafood identification in multispecies products: assessment of 16SrRNA, cytb, and COI Universal Primers’ efficiency as a preliminary analytical step for setting up metabarcoding next-generation sequencing techniques. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 65(13), 2902–2912.
Indradewi, R. (2022). Teknik Desain Primer untuk Amplifikasi Gen Tujuan Kloning dari DNA Agrobacterium tumefaciens. Perbal: Jurnal Pertanian Berkelanjutan, 10(3), 305–309.
Jin, L., Yu, J., Yuan, X., & Du, X. (2021). Fish Classification Using DNA Barcode Sequences through Deep Learning Method. Symmetry, 13(9), 1599. https://doi.org/10.3390/sym13091599
Kamagi, D. D. W., Gedoan, S. P., & Rengkuan, M. (2021). Kajian Keragaman Asam Amino berdasarkan Sekuen Parsial Gen cyt b Pada Tarsius Sulawesi Utara. NUKLEUS BIOSAINS, 2(2), 83–93.
Kolondam, Beivy J. (2020). Variasi Sekuens Gen COI untuk DNA Barcoding Ikan Tuna. Media Teknologi Hasil Perikanan, 8(2), 70. https://doi.org/10.35800/mthp.8.2.2020.28378
Kolondam, Beivy Jonathan. (2022). Evaluasi sekuens gen 16S rRNA untuk DNA barcoding ikan tuna. Jurnal Ilmiah Platax, 10(1), 108–114.
Kusuma, W. E., Ratmuangkhwang, S., & Kumazawa, Y. (2016). Molecular phylogeny and historical biogeography of the Indonesian freshwater fish Rasbora lateristriata species complex (Actinopterygii: Cyprinidae): Cryptic species and west-to-east divergences. Molecular Phylogenetics and Evolution, 105, 212–223. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2016.08.014
Merdekawati, F., & Nurhayati, B. (2023). DESAIN PRIMER GEN PENGKODE RNA DEPENDENT RNA POLIMERASE (RdRp) UNTUK DETEKSI SARS COV2 DENGAN MENGGUNAKAN REAL TIME POLYMERASE CHAIN REACTION. JURNAL RISET KESEHATAN POLTEKKES DEPKES BANDUNG, 15(1), 30–36. https://doi.org/10.34011/juriskesbdg.v15i1.2179
Profant, S. W., Jørgensen, T. E., Austad, E., Babiak, I., & Johansen, S. D. (2024). Mitogenome, Poly(A) Mitotranscriptome, and Molecular Phylogeny of Rasbora rasbora (Family Danionidae; Subfamily Rasborinae). Fishes, 9(8), 317. https://doi.org/10.3390/fishes9080317
Sholihah, A., Delrieu‐Trottin, E., Sukmono, T., Dahruddin, H., Pouzadoux, J., Tilak, M., … Hubert, N. (2021). Limited dispersal and in situ diversification drive the evolutionary history of Rasborinae fishes in Sundaland. Journal of Biogeography, 48(9), 2153–2173. https://doi.org/10.1111/jbi.14141
Tang, K. L., Agnew, M. K., Hirt, M. V., Sado, T., Schneider, L. M., Freyhof, J., … Mayden, R. L. (2010). Systematics of the subfamily Danioninae (Teleostei: Cypriniformes: Cyprinidae). Molecular Phylogenetics and Evolution, 57(1), 189–214. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2010.05.021
Published
2024-12-31
How to Cite
WIBOWO, Dandi Setio; RIDHO, Muhammad; KHARIS, Mokhamad Ridho Al.
Variasi Sekuens Gen Cythocrome b untuk DNA Barcoding Ikan Wader Pari (Rasbora sp.).
MAIYAH, [S.l.], v. 3, n. 4, p. 277-286, dec. 2024.
ISSN 2963-4091.
Available at: <https://jos.unsoed.ac.id/index.php/maiyah/article/view/14049>. Date accessed: 26 apr. 2025.
doi: https://doi.org/10.20884/1.maiyah.2024.3.4.14049.
Section
Articles
.png)
.png)
.png)
