Efek Penambatan Senyawa Demetoksikurkumin Dan Bisdemetoksikurkumin Terhadap Protein LSD1

Abstract

Beta-talasemia merupakan penyakit genetik pada sintesis hemoglobin di dalam sel darah merah yang ditandai dengan menurunnya produksi β-globin. Senyawa kurkumin diketahui dapat meningkatkan kadar HbF pada sel K562. Senyawa demetoksikurkumin dan bisdemetoksikurkumin diketahui memiliki stabilitas dan bioavaibilitas yang lebih baik dari kurkumin. Penelitian ini bertujuan untuk melihat interaksi senyawa demetoksikurkumin dan bisdemetoksikurkumin pada protein LSD1 secara in silico. Penelitian eksperimental yang dilakukan terbagi dalam dua tahap. Pertama, validasi metode yang meliputi pengunduhan struktur LSD1 (PDB ID: 6KGP), preparasi struktur protein dengan menghilangkan molekul air dan memisahkan molekul protein dan ligan natif, penambatan kembali dengan Ligan natif menggunakan AutoDock Vina dan penghitungan nilai RMSD. Kedua, penambatan molekuler senyawa demetoksikurkumin dan bisdemetoksikurkumin dengan protein LSD1 menggunakan koordinat hasil validasi yang valid dan visualisasi penambatan dengan menggunakan BIOVIA Discovery Studio 2020. Hasil validasi menunjukkan nilai RMSD yaitu 1,402 Å. Energi ikatan terendah untuk protein LSD1 yaitu -10,4 kkal/mol dan -10,2 kkal/mol untuk senyawa demetoksikurkumin dan bisdemetoksikurkumin. Residu asam amino pada LSD1 yang berperan pada pengikatan senyawa uji demetoksikurkumin yaitu Thr624; Val288 dan Arg316. Residu asam amino pada LSD1 yang berperan pada pengikatan senyawa uji demetoksikurkumin yaitu Thr624; Leu659; Val811; Arg316; Leu625; Tyr761 dan Trp751. Penelitian ini menunjukkan bahwa senyawa demetoksikurkumin menunjukkan hasil yang lebih baik dan interaksi yang lebih potensial pada protein LSD1 dibandingkan bisdemetoksikurkumin